纳税人有向税务机关备案财务会计制度和会计核算软件的义务吗？

根据（国家税务总局公告2009年第1号）：“依照宪法、税收法律和行政法规的规定，您在纳税过程中负有以下义务：...
三、财务会计制度和会计核算软件备案的义务
　　您的财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件，应当报送我们备案。您的财务、会计制度或者财务、会计处理办法与国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定抵触的，应依照国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定计算应纳税款、代扣代缴和代收代缴税款。”

企业未在规定期限内进行财务、会计制度备案有处罚吗？

根据《中华人民共和国税收征收管理法》(中华人民共和国主席令第49号)第六十条规定，纳税人有下列行为之一的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款：(三)未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件报送税务机关备查的。

企业按照财务会计制度规定已经在会计处理上确认的支出，如没有超过企业所得税法规定的扣除范围和标准还需要调整吗？

　根据《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第15号)的规定：“八、关于税前扣除规定与企业实际会计处理之间的协调问题 根据《企业所得税法》第二十一条规定，对企业依据财务会计制度规定，并实际在财务会计处理上已确认的支出，凡没有超过《企业所得税法》和有关税收法规规定的税前扣除范围和标准的，可按企业实际会计处理确认的支出，在企业所得税前扣除，计算其应纳税所得额。
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　　九、本公告施行时间 本公告规定适用于2011年度及以后各年度企业应纳税所得额的处理。”